Król wraz z Senatem przyjął z rąk Commendonego księgę ustaw soboru trydenckiego na sejmie w Parczewie 7 sierpnia 1564 rokuPiotr Aleksandrowicz, Przyjęcie przez króla i senat uchwał Soboru Trydenckiego w Parczewie w 1564 r., w: Prawo Kanoniczne: kwartalnik prawno-historyczny, Tom 9 (1966), Nr 3-4, s. 375–379..
W 1568 r. Zygmunt II August zaciągnął od księstwa pomorskiego pożyczkę na kwotę 100 000 talarów, którą jego następcy uważali za osobiste zobowiązanie króla i nie poczuwali się do jej spłaty.
Korona i Litwa mały|lewo|Biskup wileński Paweł Algimunt HolszańskiMylnie opisany przez Muzeum Narodowe w Warszawie jako biskup Hozjusz. wzbrania królowi Zygmuntowi II Augustowi wstępu do kościoła protestanckiego w Wilnie, obraz pędzla Januarego Suchodolskiego z 1848 roku
Wobec braku zgody szlachty na podwyższenie podatków Zygmuntowi Augustowi nie udało się zrealizować wszystkich zamierzonych reform, w tym zwiększenia stanu wojska. Pozytywnie natomiast przebiegła unifikacja państwa. Objęła część ziem Śląska, Mazowsza i Prus Królewskich, zaś przede wszystkim 1 lipca 1569 w Lublinie zawarta została unia, która połączyła ostatecznie Koronę Królestwa Polskiego i Wielkie Księstwo Litewskie w jedno państwo – Rzeczpospolitą Obojga Narodów, ze wspólnym królem, sejmem, pieniądzem i polityką zagraniczną.