W czerwcu 1940 roku okręt nadal nominalnie znajdował się w składzie 12. dywizjonu, a jego dowódcą był kpt. mar. M.A. Jaume (zastąpił kpt. Garnuchota, który poniósł śmierć nieopodal Dunkierki na pokładzie pomocniczego trałowca „Emile Deschamps”). „Junon” przebywał w Cherbourgu, gdzie przechodził remont mający trwać do 15 sierpnia. 18 czerwca, wobec zbliżania się wojsk niemieckich do portu w Breście, „Junon” i „Minerve” holowane przez francuskie holowniki „Nessus” i „Zeelew” opuściły bazę, w eskorcie pomocniczych patrolowców „Pessac” i „Sauterne”. Okręty podwodne, przejęte przez brytyjskie holowniki „Watercock” i „Queens Cross”, dotarły 20 czerwca w towarzystwie niszczyciela do Plymouth (w końcowej fazie rejsu hol „Junona” przejął niszczyciel , gdyż na holowniku kończył się zapas węgla). Po podpisaniu zawieszenia broni między Francją a Niemcami, 3 lipca Brytyjczycy przeprowadzili operację Catapult, zajmując siłą wszystkie francuskie okręty znajdujące się w portach brytyjskich (w tym niesprawnego „Junona”).