Po wybuchu wojny na Pacyfiku Borneo stało się jednym z priorytetowych celów japońskiej ofensywy. Pierwszy desant wylądował na wyspie już 16 grudnia 1941 roku, a więc nieco ponad tydzień po ataku na Pearl Harbor. Do 10 lutego 1942 roku Japończycy przejęli kontrolę nad najważniejszymi punktami wyspy, zarówno w jej brytyjskiej, jak i holenderskiej części. Dwa miesiące później skapitulowały ostatnie alianckie oddziały na Borneo.
Administrowanie holenderską częścią Borneo zostało powierzone Cesarskiej Marynarce Wojennej. Byłe posiadłości brytyjskie znalazły się natomiast pod zarządem Cesarskiej Armii Japońskiej. Kwaterę główną zarządu wojskowego ulokowano w Kuchingu.
Narodziny partyzantki Kinabalu thumb|Albert Kwok, lider rebeliantów Kinabalu, przywódca powstania w Jesselton Japończycy zaprowadzili na Borneo surowy reżim okupacyjny, stosując jednocześnie politykę „dziel i rządź”. Z jednej strony – podobnie jak na innych okupowanych terytoriach – obiektem różnorakich szykan i represji stała się chińska diaspora. Z drugiej, Japończycy wykonywali rozmaite gesty pod adresem elity autochtonicznej, starając się – w wielu wypadkach z sukcesem – zapewnić sobie jej współpracę.