Po podziale Śląska Cieszyńskiego na polską i czeską część wielu Polaków z czeskiej strony wyemigrowało do Polski, co skutkowało zamykaniem polskich szkół i koniecznością uczęszczania pozostałych polskich dzieci do czeskich szkół. Macierz postanowiła zakładać nowe polskie szkoły i przedszkola. Odnowiono działalność m.in. Polskiego Gimnazjum im. Juliusza Słowackiego w Orłowej i utworzono polskie klasy w Państwowym Seminarium Nauczycielskim w Śląskiej Ostrawie. Ponadto Macierz przyczyniła się do utrzymania Harcerstwa Polskiego w Czechosłowacji, a także utworzenia Związku Polskich Chórów w Czechosłowacji i Sekcji Akademickiej „Jedność”.
II wojna światowa i jej konsekwencje zadały Macierzy silne ciosy. Zginęli Wacław Olszak i Piotr Feliks, a także wielu innych zasłużonych członków. Po 1945 Zaolzie zostało ponownie przyłączone do Czechosłowacji, wszystkie szkoły upaństwowione, a działalność jakichkolwiek polskich organizacji była nielegalna. Próba wznowienia działalności Macierzy podjęta przez Jana Ofioka w 1945 została odrzucona przez rząd z uzasadnieniem, że Macierz rozwijała działalność przeciwko państwu czechosłowackiemu i „przyczyniła się do jego rozbicia”. W 1946 majątek Macierzy został upaństwowiony, a budynki dawnych szkół polskich przeznaczono dla szkół czeskich albo wynajmowano jako mieszkania.