Nowy impuls do powstań dało wygnanie Rennyo z Kioto w 1465. Osiedlił się on wówczas w prowincji Echizen, gdzie w 1471 wzniósł świątynię Yoshizaki-gobō. Swoimi naukami zwrócił uwagę miejscowej ludności i w krótkim czasie uzyskał wielu zwolenników. Choć uważał, że agresja jest czymś złym i przemoc winna być stosowna jedynie do obrony, to obudzony przez niego zapał religijny doprowadził do wzrostu siły sekty Ikkō-shū i działań wojennych na szeroką skalę. W 1487 wybuchła pierwsza poważna rewolta Ikkō-ikki, która zakończyła się sukcesem: zwolennicy sekty z prowincji Kaga zbuntowali się i obalili tamtejszego gubernatora z klanu Togashi. Był to pierwszy przypadek w historii Japonii, gdy lokalna społeczność objęła zbrojnie pełną kontrolę nad całą prowincją.
Rennyo zmarł w 1499, ale zapał religijny członków Ikkō-ikki nie osłabł. Pomiędzy 1496 a 1499 zbudowali oni fortecę Ishiyama Hongan-ji u ujścia rzeki Yodo w prowincji Setsu. W 1506 członkowie sekty starli się bezskutecznie nad Kuzuryū z wojskami rodu Asakura. W 1536 buntownicy pokonali ród Nagao w bitwie pod Sendanno, a w 1555 ponownie walczyli z rodem Asakura pod Daishoji-omote.