Natomiast twierdza Ishiyama Hongan-ji poddała się w 1580 po dziesięcioletnim oblężeniu, będącym najdłuższym w historii Japonii. Upadek tych dwóch ośrodków, które stanowiły serce potęgi militarnej ruchu Ikkō-ikki, stanowił kres jego znaczenia.
Pojedyncze ugrupowania Ikkō-ikki działały jeszcze w Japonii do lat 90. XVI w. m.in. w prowincjach: Musashi, Sagami, Kii oraz w Satsumie na Kiusiu. Nie odgrywały już jednak większej roli. Ostatnim znaczącym epizodem z ich udziałem było udzielenie poparcia przez ich lidera, Kōsego, Hideyoshiemu Toyotomiemu w walce przeciwko innym klanom i sektom w latach 80. XVI w., m.in. udział członków Ikkō-ikki w walkach przeciwko Katsuiemu Shinacie w 1583. Kōsa liczył, że dzięki temu będzie mógł odzyskać pozostałości Ishiyamy Hongan-ji. Hideyoshi wzniósł tam jednak w latach 1583–1598 zamek Ōsaka. Mimo to nie pozostał całkowicie niewdzięczny i w 1591 wynagrodził sojusznika szkołą świątynną Nishi Hongan-ji w Kioto.
Pozostałością po ruchu były działające w sekrecie do 1868 organizacje wyznawców sekty Ikkō-shū, znane jako Kakure nenbutsu.