W 1962 dzięki staraniom Jana Kożuchowskiego Zakład Elektroenergetyki Politechniki Wrocławskiej został przekształcony w Instytut Automatyki Systemów Energetycznych (IASE), który podlegał Ministrowi Szkolnictwa Wyższego, on sam został jego pierwszym dyrektorem. Zespół współpracowników stał się szkołą naukową „Kompleksowego Badania Systemów Elektroenergetycznych”, gdzie opracowano układ automatycznej regulacji częstotliwości i mocy czynnej. W latach 1960/1961 był dziekanem Wydziału Elektrycznego Politechniki Wrocławskiej, od 1963 kierował Katedrą Systemów Energetycznych. W 1961 otrzymał nominację na profesora zwyczajnego, w 1970 zrezygnował z kierowania IASE pozostając przewodniczącym Rady Naukowej. W 1971 zgodnie z własną prośbą otrzymał przeniesienie do Instytutu Elektroenergetyki Zakładu Sieci i Systemów Elektroenergetycznych Politechniki Warszawskiej, rok później utworzył tam Zespół Informatyki Energetycznej oraz nową specjalizację „Informatyka, sterowanie i zarządzanie w elektroenergetyce”, kierował nimi do przejścia na emeryturę. Opracowany przez Jana Kożuchowskiego program specjalizacji był realizowany przy pomocy Zjednoczenia Przemysłu Automatyki i Aparatury Pomiarowej MERA i we współpracy z Polskim Towarzystwem Cybernetycznym (PTC).