Wprowadzenie atakebune zmieniło charakter toczonych bitew morskich: wcześniejsze walki polegały na abordażu i bitwie pomiędzy załogami, a nie na starciu pomiędzy samymi okrętami. Atakebune wykorzystywały natomiast swoją artylerię do prowadzenia ostrzału przeciwnika i rozstrzygania bitwy na odległość.
Pierwszą dużą flotę złożoną z tego typu statków sfinansował Nobunaga Oda w 1578 podczas kampanii przeciwko ruchowi Ikkō-ikki i wspierającemu go rodowi Mōri. Liczyła ona sześć atakebune, które nazywano tekkōsen (jap. 鉄甲船, okręty wojenne wzmocnione żelazem). Wykazały one swoją wyższość nad tradycyjnymi okrętami w drugiej bitwie morskiej pod Kizugawaguchi, gdzie pokonano wielokrotnie liczniejszą flotę Mōrich. Nieco później, w ostatniej dekadzie XVI w. użył ich Hideyoshi Toyotomi podczas próby inwazji na Koreę. Jego atakebune posiadały jednak wady konstrukcyjne przez co mogły ulec zatopieniu na pełnym morzu. Ich niedoskonała konstrukcja sprawiała, że ustępowały pod względem uzbrojenia podobnym okrętom koreańskim: geobukseonom i panokseonom.