Wraz z innymi skazanymi uczestnikami sprzysiężenia na Sanocczyźnie został wywieziony na Hradczy Kopiec (Spielberg), osadzony tam 13 sierpnia 1847, po czym 25 marca 1848 został zwolniony na mocy amnestii, którą objęto konspiratorów (także Teofila Dominikowskiego). Polacy, na czele z Julianem Goslarem, odjeżdżający z dworca kolejowego w pobliskim Brnie byli żegnani entuzjastycznie przez Czechów.
Dekretem kancelarii nadwornej z 31 stycznia 1848 ogłoszono utratę szlachectwa Kajetana Dominikowskiego. 12 grudnia 1849 przywrócono szlachectwo Kajetanowi i Teofilowi Dominikowskim.
W szeregach Legionu Polskiego na Węgrzech uczestniczył w powstaniu węgierskim 1848–1849, walcząc w stopniu kapitana kawalerii. Po powrocie do Galicji został ukarany aresztem za samowolne opuszczenie miejsca pobytu. Został skierowany do kompanii dyscyplinarnej w Karlsburgu. Pozostawał pod dozorem policyjnym.