Rektor odwołał się od decyzji o ukaraniu w pierwszej instancji i sprawa jest nadal rozpatrywana (początek 2024) w Sądzie Karnym. Tymczasem 11 czerwca 2024 roku Sąd Okręgowy w Krakowie nakazał prawomocnym wyrokiem bezzwłoczne przywrócenie do pracy dr hab. Niny Pluty Podleszańskiej, pierwszej przewodniczącej Inicjatywy Pracowniczej przy UKEN (wówczas UP).
11 marca 2024 roku, Rada Uczelni (przewodniczący: Dariusz Rott) zablokowała możliwość startu w wyborach rektorskich jego kontrkandydatowi prof. Piotrowi Trojańskiemu, który uzyskał pozytywną opinię Senatu Uniwersytetu Komisji Edukacji Narodowej, tym samym Piotr Borek był jedynym kandydatem w wyborach rektorskich UKEN w 2024 roku. 21 marca został wybrany na rektora na kadencję 2024–2028. Opowiedziało się za nim 77 elektorów, 69 wstrzymało się od głosu, 3 głosy były nieważne (nie można było głosować przeciw). Związkowcy z Inicjatywy Pracowniczej złożyli protesty wyborcze, a MNiSW prowadzi postępowanie kontrolne w sprawie sytuacji w UKEN.