3 czerwca 2024 roku poseł Marek Sowa zgłosił do ministra nauki interpelację nr 3255 „w sprawie podjęcia pilnych działań interwencyjnych dotyczących nieprawidłowości w Uniwersytecie Komisji Edukacji Narodowej w Krakowie”, m.in. z zapytaniem: „Czy jest prowadzone przez MNiSW postępowanie ws. odwołania rektora UKEN prof. Piotra Borka na podstawie art. 432 ust. 1 lub ust. 5 ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce (Dz. U. z 2023 r. poz. 742 ze zm.) z uwagi na rażące lub uporczywe naruszenia prawa (w tym ustawy Kodeks pracy, ustawy Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce, Statutu UKEN i innych przepisów prawa)”.
2 września 2024 roku Minister Nauki i Szkolnictwa Wyższego Dariusz Wieczorek wszczął postępowanie odwołania Piotra Borka z funkcji rektora UKEN. Powodem wskazanym przez Ministra było „rażące lub uporczywe naruszanie prawa”. Borek zadeklarował wówczas chęć wykorzystania wszelkich dostępnych instrumentów prawnych w celu zablokowania ministerialnej decyzji i ochrony „niezależności akademickiej”. 2 lipca 2025 roku nowy MNiSW Marcin Kulasek, podjął decyzję o odwołaniu Borka z funkcji rektora Uniwersytetu Komisji Edukacji Narodowej w Krakowie. 7 listopada postanowienie to otrzymało rygor natychmiastowej wykonalności.