Roger dołączył do ojca w kampanii greckiej w 1084. W trakcie oblężenia Kefalinii, 17 lipca 1085 zmarł niespodziewanie Robert. Kiedy książę-następca dowodził jeszcze wojskami w Bundicji, w Salerno przebywał Boemund. Słusznie obawiając się przejęcia Apulii przez starszego brata, Roger porzucił dowodzone wojska i zmierzał do Italii. Pośpiech młodego księcia wywołał popłoch wśród oblegającego Kefalinię wojska, które w nieładzie wycofało się do Apulii. Obaj bracia skierowali wojska do stolicy, jednak Boemund wycofał się, gdy młodego księcia poparł stryj, Roger sycylijski. Ostatecznie władzę w księstwie Apulii Roger objął we wrześniu 1085. Chcąc zapewnić Normanom legitymację władzy jako miejscowej władzy oraz poparcia dla ambicji przejęcia księstwa Salerno, dynastia ostatecznie uznała władzę zwierzchnią Rogera. Wymuszono jednak na nim przyrzeczenie nadań pomniejszych tytułów. Pokonany Boemund uszedł do Kapui, z której powrócił na czele wojsk wysłanych przez Jordana. Boemund zajął Orię, Otranto i Tarent, czym zmusił brata do zawarcia pokoju w marcu 1086. Roger uznał pierworództwo Boemunda, dopuścił go do współrządów oraz obwarował jego wyłączne prawa do dziedziczenia władzy w przypadku bezpotomnej śmierci. Jednak już w lipcu a. sierpniu t.r.