Boemund został obwołany przez panów normańskich prawowitym władcą i zbrojnie wystąpił przeciwko bratu. Sprawnie dowodząc wojskami, zadał druzgocącą klęskę Rogerowi pod Fragneto i ponownie zajął Tarent. Pomimo odnoszenia pomniejszych zwycięstw Roger nie był w stanie przejąć kontroli nad większą częścią kraju; nie chciał też uznać przewagi brata. Ostatecznie wojnę zakończyła interwencja papieża Urbana II, który obawiał się rozbicia Normanów i odboju Apulii przez Bizancjum. Papież zobowiązał Rogera do przekazania Boemundowi Tarentu, Cosenzy i innych dóbr w Kalabrii, tworząc z tych ziem księstwo Tarentu. Ostatecznie papież potwierdził władzę zwierzchnią Rogera, instalując go księciem Apulii i Kalabrii w 1089.
W maju 1098 usunięty książę Kapui Ryszard II wezwał go do wsparcia w przywróceniu na tron. Roger wyruszył do Kapui wraz ze stryjem, Rogerem sycylijskim. W zamian za pomoc w objęciu władzy Ryszard zobowiązał się do złożenia hołdu Rogerowi. Zdaje się jednak, że układ ten – jeśli został spełniony – dotyczył osobiście Ryszarda. Brak bowiem w źródłach potwierdzenia zwierzchnictwa późniejszych książąt Apulii nad Kapuą.