Jego biblioteka posiadała najbogatszy i najaktualniejszy w Czechosłowacji zbiór publikacji w zakresie stosunków międzynarodowych. Była jednak dostępna jedynie dla zawodowych badaczy posiadających specjalną przepustkę.
Po 1989, w wyniku przemian aksamitnej rewolucji, doszło do istotnych zmian personalnych w Instytucie, jego dezideologizacji i depolityzacji. Istotna była w tym rola , dyrektora w latach 1994–1998. Od 1997 do 2007 pod auspicjami IIR funkcjonowała Akademia Dyplomatyczna. Od 2007 Instytut działa w oparciu Ustawę z 2005 o publicznych instytucjach badawczych.
Struktura Instytut posiada trzy organy: dyrektora, zarząd i radę nadzorczą. Na podstawie statutu funkcjonują także komisja ds. pracowniczych, komisja etyczna i rada redakcyjna. Dyrektorem Instytutu od 2023 jest , zaś jego zastępcami Jan Kovář(ds. badań) i Jiří Mach (ds. organizacyjnych). Dyrektor odpowiada za wszystkie kwestie niezastrzeżone dla pozostałych organów lub założyciela IIR, tj. MSZ Czech. Powołuje go minister spraw zagranicznych na wniosek rady IIR.
Do kompetencji rady Instytutu należy m.in.: przedstawianie kandydata na dyrektora, przyjmowanie budżetu, przepisów wewnętrznych, raportów rocznych, wyznaczania kierunków badawczych.