Działalność Działalność IIR skupia się przede wszystkim na prowadzeniu badań i pracy naukowej oraz ich popularyzacji. Realizuje dwa rodzaje badań: teoretyczno-metodologiczne oraz praktyczne, mogące być stosowane przez czeski MSZ i inne instytucje odpowiedzialne za prowadzenie polityki zagranicznej.
W skład działu badań wchodzą: Centrum Bezpieczeństwa Europejskiego, Centrum Integracji Europejskiej, Centrum Polityki Energetycznej, Centrum Globalnej Ekonomii Politycznej, Centrum Prawa Międzynarodowego, Centrum Stosunków UE-Azja.
Instytut prowadzi także działalność wydawniczą. Publikuje monografie, wydawnictwa dotyczące polityki zagranicznej Czech, dwa recenzowane periodyki: Mezinárodní vztahy i New Perspectives oraz czasopismo popularyzatorskie Mezinárodní politika.
Czasopismo Mezinárodní vztahy (Stosunki Międzynarodowe) założono w 1966 jako kwartalnik. Stracił istotnie na znaczeniu w czasach normalizacji. Obecnie na jego łamach mogą publikować czescy i zagraniczni naukowcy. New Perspectives (Nowe Perspektywy) założono w 1993 pod nazwą Perspectives, pod którą funkcjonował do 2015. Jego celem jest przedstawianie po angielsku tekstów na temat Europy Środkowej autorstwa badaczy z regionu. Mezinárodní politika (Polityka Międzynarodowa) powstała w 1956, zyskując w latach 60. znaczną renomę.