Pierwotnie kodeks należał do klasztoru w Trutnovie.
Gdy w 1415 roku na soborze w Konstancji doszło do spalenia na stosie Jana Husa w Czechach wybuchło powstanie husyckie skierowane przeciw własności feudalnej, niemieckim wpływom w Czechach a także mające prowadzić do głębokiej reformy Kościoła (w tym odebrania duchowieństwu władzy świeckiej i sekularyzacji dóbr kościelnych). Wówczas cesarz Zygmunt Luksemburski przy poparciu papiestwa rozpoczął serię krucjat antyhusyckich nazwanych wojnami husyckimi. Z obawy przed przejęciem przez husytów klasztoru w Trutnovie jego opat postanowił poprzez pochodzącego z Trutnova świdnickiego mieszczanina Wacława Hyna wysłać 50 najcenniejszych ksiąg (wśród których był kodeks nyski) oraz złote i srebrne naczynia liturgiczne do klasztoru bożogrobców należącego wówczas do czeskiej prowincji zakonu w Księstwie nyskim. W maju 1421 w czasie II krucjaty antyhusyckiej wojska taborytów spaliły Trutnov. Zniszczeniu uległ również klasztor, który nie został już odbudowany.