Ostatecznie studia zakończył w roku 1923, otrzymując – 23 października – tytuł doktora wszech nauk lekarskich. Marian Stefanowski podtrzymywał swoje związki z Konwentem Polonia, przenosił majątek korporacji z Tartu do Wilna, zaś 18 maja 1928 roku uzyskał w niej tytuł filistra.
W latach 1923–1928 pełnił urząd dyrektora szpitala w Święcianach, był w nim też ordynatorem oddziału chirurgicznego. Oprócz tego kierował Wydziałem Zdrowia Samorządu Powiatowego oraz wykładał anatomię, higienę i fizjologię na miejscowym seminarium nauczycielskim. Jego działalność przyczyniła się do rozbudowy szpitala oraz powstania w powiecie ośmiu nowych przychodni medycznych oraz dwunastu etatów położniczych.
W 1928 roku Stefanowski przeprowadził się do Warszawy, gdzie otrzymał posadę lekarza ubogich na Woli. Był też asystentem u Zygmunta Radlińskiego w II Klinice Chirurgicznej Uniwersytetu Warszawskiego w Szpitalu św. Ducha na Elektoralnej 12, a od 1936 roku adiunktem u tegoż profesora w I Klinice Chirurgicznej w Szpitalu Dzieciątka Jezus. Od 1934 roku zaangażował się w nauczanie: najpierw wykładał – do 1938 roku – na kursach dokształcających lekarzy Ubezpieczalni Społecznej miasta Warszawy chirurgię, a od 1936 roku w Warszawskiej Szkole Pielęgniarstwa chirurgię i anatomię. W 1936 roku znalazł się w redakcji miesięcznika „Chirurg Polski”.