Po wojnie Marian Stefanowski został zaangażowany w organizację wyższego nauczania medycyny w Łodzi. Początkowo odbywało się to w ramach Wydziału Lekarskiego Uniwersytetu Łódzkiego – w listopadzie 1945 roku Stefanowski stanął na czele powołanej tam I Katedry i Kliniki Chirurgicznej, prowadzonej w gmachu szpitala Świętej Rodziny w Łodzi. W 1946 rok doprowadził do powstania przy Szpitalu Ubezpieczalni Społecznej kliniki uniwersyteckiej, choć do maja 1947 roku działalność kliniki wstrzymywana była przez rekonwalescencję umieszczonych w szpitalu żołnierzy Armii Czerwonej. W 1939 roku Wydział Lekarski przekształcono w Akademię Lekarską, która później zmieniła nazwę na Akademię Medyczną. W 1955 roku Stefanowski został rektorem tej placówki, funkcję tę sprawował do 1 października 1968 roku, kiedy to przeszedł na emeryturę. Marian Stefanowski zaangażował się też w utworzenie Wojskowej Akademii Medycznej. Od momentu powstania placówki w 1958 roku, do roku 1962 był na tej uczelni kierownikiem II Katedry Chirurgii. Na obu uczelniach otrzymał doktorat honoris causa – w 1970 roku na Akademii Medycznej, a w 1973 na Wojskowej Akademii Medycznej.