Po wybuchu powstania warszawskiego kościół został zbombardowany, a w jego podziemiach zginęło ok. 40 osób, które szukały tam schronienia. Ocalały natomiast ściany boczne i ołtarz św. Antoniego. Częściowo zniszczona ambona została odtworzona z resztek wydobytych z gruzu. Ponadto uratowało się wiele elementów barokowego wyposażenia, epitafia, organy, boczne ołtarze, konfesjonały oraz obrazy z XVII i XIX w.
Ponieważ uszkodzenia budynku nie były duże, świątynia nadawała się do użytku po zakończeniu okupacji niemieckiej. 21 stycznia 1945 przed obrazem św. Antoniego została odprawiona msza święta.
W następnych latach kościół kilkakrotnie poddawano pracom renowacyjnym i konserwatorskim. W latach 2006–2007 osuszono zawilgocone mury, wykonano izolację pionowych i poziomych ścian, dokonano też renowacji licznych detali architektonicznych i pomalowano kościół i klasztor.
W 2010 r. świątynię podniesiono do rangi sanktuarium św. Antoniego z Padwy.
Wyposażenie wnętrza Wyposażenie kościoła franciszkanów, podobnie jak w większości kościołów Warszawy, doznało uszczerbku w czasie wojny, jednak zachowały się najcenniejsze obiekty.