Przy jego wystroju pracowali wybitni artyści Warszawy końca XVII i XVIII w.: rzeźbiarze Andreas Schluter i Bartłomiej Bernatowicz (który na Nowym Mieście miał swoją pracownię) oraz malarz Claude Callot – bratanek francuskiego grafika Jacques’a Callota.
W prezbiterium znajduje się jedno z lepszych płócien śląskiego malarza Michaela Willmanna, przeniesione z kościoła cystersów w Lubiążu – Chrystus w Ogrójcu (1661). Zachowały się również siedemnastowieczne obrazy Matthiasa Kargena z pierwszego, drewnianego kościoła: Stygmatyzacja św. Franciszka oraz Św. Antoni i cud z klękającym osłem. Są one dobrym przykładem łączenia w ówczesnym malarstwie polskim elementów barokowych oraz reminiscencji gotyckiego jeszcze malarstwa cechowego.
Ołtarze Ołtarz główny – wykonany w 1724 przez warsztat Bartłomieja Bernatowicza, został odtworzony w latach 1973–1983 według projektów Stanisława Marzyńskiego z wykorzystaniem części kolumn dawnego ołtarza. W polu środkowym obraz Stygmatyzacja św. Franciszka Matthiasa Kargena (XVII w.).