Ołtarze w ramionach transeptu: prawy – ołtarz św. Antoniego, z warsztatu Bernatowicza. Obraz Św. Antoni i cud z klękającym osłem Matthiasa Kargena (XVII w.); lewy – ołtarz Krzyża Świętego. W polu środkowym grupa rzeźbiarska składająca się z krucyfiksu przypisywanego Andrzejowi Schluterowi (podobny krucyfiks znajduje się w kościele poreformackim w Węgrowie) oraz oryginalnie skomponowanej grupy Jana i dwóch Marii, nawiązującej układem postaci do zniszczonego obrazu Jerzego Eleutera Siemiginowskiego z warszawskiego kościoła Św. Krzyża.
Ołtarze w nawach bocznych: w pierwszym przęśle (licząc od prezbiterium): po lewej rokokowy z połowy XVIII w., z obrazem Św. Józef z Dzieciątkiem, przypisywany Claude'owi Callotowi; po prawej wczesnobarokowy z ok. 1657, pierwotnie z cudownym obrazem Matki Boskiej Pocieszenia, z obrazami barokowymi Ostatnia Wieczerza z czasu powstania ołtarza i Mała Święta Rodzina z I połowy XVIII w.; W drugim przęśle: ołtarz z 4 ćwierci XIX w. z obrazem Matka Boska Pocieszenia sprzed 1657 oraz eklektyczny z 1883.