W listopadzie 1930 został zawieszony w czynnościach służbowych, w styczniu 1931 zwolniony z zajmowanego stanowiska w 48 pp, a 15 listopada 1932 oddany do dyspozycji dowódcy Okręgu Korpusu Nr VI. Pozostawał w związku z Krystyną Boral, żoną po lekarzu, z którą miał dziecko.
Wyrokami Wojskowego Sądu Okręgowego Nr VI we Lwowie, sygn. akt KO. 292/30 z 26 maja 1933 i Najwyższego Sądu Wojskowego w Warszawie, sygn. akt R.325/33 z 23 listopada 1933 kapitan Kowalski został skazany na karę dzięciu miesięcy więzienia i wydalenie z korpusu oficerskiego za występki przywłaszczenia i fałszu popełnione na stanowisku powiatowego komendanta WFiPW w Borszczowie. 27 grudnia 1933 szef Biura Personalnego Ministerstwa Spraw Wojskowych, pułkownik Ignacy Misiąg wydał, w imieniu ministra, zarządzenie o bezzwłocznym zwolnieniu skazanego ze służby czynnej i przez właściwą PKU z obowiązku wojskowego oraz skreślenie go z list oficerskich. 20 stycznia 1934 kapitan Kowalski został powiadomiony o wspomnianym zarządzeniu, lecz odmówił oddania orderu Virtuti Militari i legitymacji.