Kotlina miała wiele zalet: była naturalnie obronna, ze wszystkich stron (poza południową) osłonięta stromymi górami wznoszącymi się 500–750 m ponad jej dno. Łączyły się w niej ją trzy rzeki: płynąca z północnego wschodu Kamo; z północnego zachodu – Katsura i ze wschodu – Uji; czwarta, płynąca na południowy zachód od kotliny Yodo zapewniała łatwą komunikację z odległym o zaledwie 50 km Morzem Wewnętrznym (Seto-naikai; dosł. Wewnętrzne Morze Cieśnin). Liczne strumienie ułatwiały irygację, a płaskie dno sprzyjało zarówno uprawom, jak i budowie nowego miasta. Kotlinę zamieszkiwały dwa rody: Hata, sławni jako budowniczowie i hydrotechnicy, którzy przekształcili bagna w żyzne ziemie uprawne; i Haji, specjalizujący się w wyrobach z gliny. Babka cesarza Kanmu była z rodu Haji; babka Oguromaro, jednego z planistów Heian-kyō – z Hata.
Obfite nawodnienie było zaletą, ale nie wszędzie: o ile we wschodniej części kotliny żwirowe podłoże zapewniało dobre odprowadzenie wód, o tyle zachodnia część, leżąca na glinach, była podmokła i niezbyt zdatna do zamieszkania. Innym problemem był wilgotny klimat (ok.