Ze względu na gęstą i ciągłą historycznie zabudowę Kioto, teren Heian-kyō jest dużo słabiej zbadany archeologicznie niż stolice w Narze czy Nagaoce.
Teren miasta został podzielony na równej wielkości sektory zwane machi, których granice wyznaczały ulice (kōji) i aleje (ōji) biegnące północ-południe (łącznie 33) i wschód-zachód (39). Koji miały ok. 10,5 m szerokości; większość ōji – ok. 21 m, ale aleja przed pałacem (Nijō) miała prawie 49 m, aleje przy granicach miasta i wokół pałacu 27–33 m, a monumentalna, stanowiąca oś miasta aleja Suzaku-ōji, biegnąca od południowej bramy pałacu Daidairi do południowej bramy miasta, Rashōmon, była szeroka na 95 m. Około jedna trzecia szerokości ulic i alej przeznaczona była na rowy odwadniające i boczne wolne pasy gruntu.
Suzaku-ōji dzieliła miasto na dwie połowy: Sakyō-ku („Lewą Stolicę”) na wschodzie i a Ukyō-ku („Prawą Stolicę”) – na zachodzie, zgodnie z orientacją pałacu cesarskiego, który zwrócony był fasadą na południe. Połówki podzielone były przez szersze aleje na dziewięć pasów, zwanych jō (dziesiąty, nieco węższy od pozostałych, leżał na północnym krańcu miasta). Dwa pierwsze pasy, licząc od północy, były podzielone na sześć kwartałów (bō), pomiędzy którymi leżał pałac cesarski. Pozostałe pasy podzielone były na osiem kwartałów.