Japończycy zmusili również około 300 jawajskich kobiet do pracy jako prostytutki na Tarakanie po tym, jak nakłonili je do podróży za fałszywymi ofertami pracy biurowej i krawieckiej.
Wartość Tarakanu dla Japończyków osłabła wraz z szybkim postępem sił alianckich w tym obszarze w 1944 r. Ostatni japoński tankowiec opuścił Tarakan w lipcu 1944 r., a ciężkie naloty alianckie w późniejszym okresie tego roku zniszczyły produkcję i magazyny ropy naftowej na wyspie. W wyniku tych nalotów mogło również zginąć ok. setki indonezyjskich cywilów. Alianci założyli również miny morskie w pobliżu Tarakan, co w połączeniu z patrolami jednostek powietrznych i morskich uniemożliwiało japońskim statkom handlowym i transportowcom zacumowanie na wyspie.
Zgodnie z malejącym znaczeniem wyspy, japoński garnizon na Tarakanie został zredukowany na początku 1945 roku. Jeden z dwóch batalionów piechoty stacjonujących na wyspie (454. Samodzielny Batalion Piechoty) został wycofany na Balikpapan. Batalion ten został zniszczony przez australijską 7 Dywizję Piechoty w lipcu podczas bitwy pod Balikpapan.