Stojący na czele PAKP metropolita Stefan nie wykazał jednak entuzjazmu dla tej propozycji, przekazał sprawę do konsultacji z Patriarchatem Moskiewskim, a następnie nie nadał jej dalszego biegu. Rozmowy o uregulowaniu swojej sytuacji kanonicznej Jan Nektariusz (Kowalewski) prowadził następnie z patriarchą rumuńskim Justynianem, jednak i tym razem nie zakończyły się one porozumieniem.
Samodzielny Kościół Dopiero po śmierci abpa Jana Nektariusza w 1970, ponownie rozpoczęto rozmowy z Patriarchatem Rumuńskim, który w 1972 r. objął jurysdykcją kanoniczną strukturę we Francji, jednocześnie konsekrując dla niej biskupa, dzisiejszego Zwierzchnika Kościoła, Germaina (Betrand-Hardego). W 1993 r. Kościół Prawosławny Rumunii przestał udzielać jurysdykcji wspólnocie we Francji. Wspólnota we Francji na Zgromadzeniu Ogólnym Kościoła nie przyjęła decyzji wydanych przez Patriarchat Rumuński (zaprzestanie pełnienia jakiejkolwiek posługi przez duchownych Kościoła oraz włączenie się w struktury Serbskiego Kościoła Prawosławnego we Francji) i rozpoczęła działalność jako niezależna wspólnota prawosławna pod bezpośrednią jurysdykcją arcybiskupa Germaina.