Kościół Prawosławny Francji zachował autonomię i prawo do posługiwania się rytem zachodnim, do którego arcybiskup San Francisco odnosił się z wielkim szacunkiem i w którym widział szansę na skuteczne prowadzenie misji prawosławnej na zachodzie Europy. W tejże jurysdykcji 11 listopada 1964 ks. Kowalewski został wyświęcony na biskupa Saint-Denis po uprzednim złożeniu wieczystych ślubów mniszych, w czasie których przyjął imię zakonne Jan Nektariusz.
W 1966 arcybiskup San Francisco zmarł. Po tym wydarzeniu relacje biskupa Jana Nektariusza z Synodem Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego poza granicami Rosji natychmiast się pogorszyły. Hierarcha Cerkwi Zagranicznej żądała od parafii rytu zachodniego przejścia na ryt bizantyjski, czego biskup Jan Nektariusz stanowczo odmawiał. Ostatecznie został pozbawiony święceń kapłańskich, czego nie uznał, a kierowana przez niego struktura autonomiczna wystąpiła jednostronnie z dotychczasowej jurysdykcji. Kowalewski zmarł cztery lata później, nie podlegając żadnemu kanonicznemu Kościołowi prawosławnemu. W 1967 ubiegał się, bez powodzenia, o przyjęcie kierowanych przez siebie struktur w jurysdykcję PAKP, na prawach autonomii.