i wrócił do Potsdamu, a następnie osiadł w Newfield w stanie New Jersey, gdzie mieszkał aż do śmierci.
Praca naukowa Nie miał żadnego formalnego wykształcenia jako botanik ani mykolog, ale mykologia stała się jego pasją. Zajął się zbieraniem okazów grzybów w terenie, sporządzaniem eksykatów i ich wymianą. Pomagała mu w tym jego żona. Razem zebrali liczącą 200 000 okazów kolekcję eksykatów grzybów, które zostały wysłane do subskrybentów seriami między 1878 a 1894 r. W 1880 roku Ellis zaczął otrzymywać wsparcie finansowe od Benjamina Matlocka Everharta, bogatego kupca z West Chester w Pensylwanii. Razem są współautorami wydanego w 1892 r. North American Pyrenomycetes. Wraz z kolegami Williamem A. Kellermanem i Benjaminem Matlackiem Everhartem założył w 1885 r. czasopismo Journal of Mycology, które potem zmieniło nazwę na Mycologia. Był autorem większości artykułów w pierwszych numerach tego czasopisma. Opisał ponad 4000 gatunków grzybów, a jego kolekcja ponad 100 000 okazów znajduje się obecnie w zielniku nowojorskiego ogrodu botanicznego. Był pionierem w zakresie mykologii w Ameryce Północnej. Znany stał się ze swoich badań nad workowcami (Ascomycetes) zwłaszcza z grupy grzybów zwanych Pyrenomycetes, obecnie zaliczanymi do Sordariomycetes. Korespondował ze znanymi mykologami w Ameryce i Europie.