Przez wiele dni wznosili własne wieże i odbudowywali niszczone w toku walk mury obronne.
Nie zdoławszy w pierwszym dniu bitwy przełamać obrony twierdzy, Artakserkses podzielił swoją armię: jeden z korpusów pod dowództwem Lakratesa i Rosakesa został, by oblegać pograniczną warownię, Nikostratosowi i Aristazanesowi powierzono drugi, natomiast główne siły pod Mentorem i Bagoasem ruszyły naprzód. Atak pierwszej grupy na Peluzjum był kontynuowany, gdyż ciągnące się perskie oblężenie blokowało obrońców twierdzy. Tym samym nie byli oni w stanie odpowiedzieć na ruchy wojsk perskich w innych miejscach.
W międzyczasie Nektanebo II z kilku tysięczną armią, flotą rzeczną na Nilu, a także dysponując licznymi warowniami rozlokowanymi wzdłuż arabskiego brzegu rzeki, zamiast zaatakować przeciwnika czekał na zbliżający się wylew Nilu. Pomimo rad greckich dowódców (którzy zachęcali do starcia zbrojnego z Artakserksesem) egipski faraon uważał, że podnoszące się wody zmuszą Persów do odwrotu. Taktyka ta okazała się dla Egipcjan błędna. Persowie szybko wymanewrowali wroga i uderzyli na tyły sił faraona. Nektanebo oddał Deltę Nilu i uciekł do Memfis. Mentor z Rodos porzuconej załodze Peluzjum obiecał honorowe warunki jeśli złożą broń. Pomiędzy egipskimi a greckimi obrońcami doszło do konfliktu w sprawie kapitulacji.