Zasady udzielania dopłat Dysponentem środków jest minister właściwy do spraw transportu, obsługiwany w momencie utworzenia funduszu przez Ministerstwo Infrastruktury. Dofinansowanie dotyczy linii komunikacyjnych nie funkcjonujących od co najmniej 3 miesięcy przed wejściem w życie ustawy i na które umowa o świadczenie usług w zakresie publicznego transportu zbiorowego została zawarta po 18 lipca 2019 r. Podział puli środków Funduszu w danym roku budżetowym do wykorzystania w każdym z województw jest dokonywany na podstawie rozporządzenia Rady Ministrów.
Wojewoda, rozpatrując wniosek o dofinansowanie bierze pod uwagę: powierzchnię obszaru właściwości organizatora; liczbę mieszkańców obszaru właściwości organizatora; liczbę linii, dla których organizator złożył wniosek; długość linii, dla których organizator złożył wniosek; liczbę zatrzymań autobusu na przystankach na liniach, dla których organizator złożył wniosek; realizację potrzeb osób niepełnosprawnych oraz osób o ograniczonej zdolności ruchowej w zakresie dostępu do przewozów na liniach, dla których organizator złożył wniosek;
Pierwszeństwo w objęciu dopłatą przyznaje się organizatorom w następującej kolejności: gminom; związkom międzygminnym; związkom powiatowo-gminnym; powiatom; związkom powiatów; województwom.