Kwota deficytu pojedynczej linii komunikacyjnej jest liczona jako ujemny wynik finansowy netto wyliczony dla tej linii nieuwzględniający rozsądnego zysku, o których mowa w rozporządzeniu (WE) 1370/2007 Parlamentu Europejskiego i Rady dotyczącego rekompensaty z tytułu świadczenia usług publicznych w transporcie.
Organizator publicznego transportu zbiorowego występujący o dopłaty musi zapewnić środki finansowe w swoim budżecie najpóźniej w momencie zaciągnięcia zobowiązania tj. zawarcia z operatorem umowy o świadczenie usług w zakresie publicznego transportu zbiorowego.
Kontrola sposobu i terminowości wykonania zadania, na które zostało udzielone dofinansowanie oraz prawidłowość wyliczenia dopłaty pod względem zgodności z umową o dopłatę została powierzona właściwym wojewodom.
Niewykorzystane środki pozostające na dzień 31 grudnia na rachunku Funduszu mogą zostać przekazane przez dysponenta Funduszu na rachunek Krajowego Funduszu Drogowego lub Funduszu Kolejowego lub na dochody budżetu państwa.
Nowelizacja ustawy o funduszu z 2023 roku wprowadziła możliwość zawierania umów długoletnich, nawet do 10 lat. Na umowy tego typu przewidziano 70% środków wydatkowanych przez fundusz.
Recepcja medialna Fundusz bywa nazywany przez media funduszem pekaesowym lub pekaes plus.