Od października 1938 był wykładowcą Pedagogium w Poznaniu.

W 1948 otrzymał tytuł profesora Uniwersytetu Poznańskiego. Od 1951 do przejścia na emeryturę w 1969 był wykładowcą w Wyższej Szkole Rolniczej, powstałej z wyodrębnienia z Uniwersytetu Wydziału Rolniczo-Leśnego.

Czynnie propagował ochronę ptaków, m.in. projektował i wieszał budki lęgowe, a także pisał liczne książki, artykuły i broszury popularyzujące wiedzę przyrodniczą. W 1967 otrzymał Nagrodę „Problemów” za osiągnięcia w dziedzinie popularyzowania nauki.

16 lutego 1927 ożenił się z Marią Ozdowską. Mieli troje dzieci: Bogumiłę, Alinę i Wojciecha.

Odznaczenia Medal Pamiątkowy za Wojnę 1918–1921 Medal 10-lecia Polski Ludowej (22 lipca 1955) – Uchwała Rady Państwa z dnia 22 lipca 1955 r. nr 0/1363 – na wniosek Ministra Szkolnictwa Wyższego.

Upamiętnienie W Poznaniu na Piątkowie jedna z ulic upamiętnia Jana Sokołowskiego. Szkoła Podstawowa w Czeszewie w gminie Miłosław nosi imię profesora Jana Sokołowskiego.

Książki Ptaki ziem polskich t.