W roku szkolnym 1991/92 po raz pierwszy został przeprowadzony konkurs na dyrektora tej placówki. Konkurs wygrał Olgierd Falkowski, dotychczasowy nauczyciel matematyki, który kierował szkołą najdłużej w jej historii – przez 20 lat. Kolejny konkurs na dyrektora przeprowadzono w roku 2012, dyrektorem została Jolanta Ryczaj, która zarządzała placówką do 2022 roku. Od 1 września 2022 dyrektorem jest Małgorzata Roguszewska.
Od 1999 roku, w związku z kolejną reformą administracyjną połączoną z reformą w oświacie, szkoła zaczęła podlegać Starostwu Powiatowemu w Braniewie.
W 2001 rozpoczęto budowę przy szkole sali gimnastycznej, którą oddano do użytku w roku następnym – 2002.
W liceum wskaźnik zdawalności matur utrzymuje się od wielu lat na bardzo wysokim poziomie (około 99%). Uczniowie biorą udział i zajmują wysokie lokaty w różnych konkursach i olimpiadach przedmiotowych, zawodowych i artystycznych. W latach 2015–2019 szkoła otrzymywała tytuł „Brązowej Szkoły” przyznany przez Wydawnictwo Edukacyjne „Perspektywy”. (Na tytuł „Brązowa Szkoła” składają się sukcesy w olimpiadach – 30%, wyniki matury z przedmiotów obowiązkowych – 25% oraz wyniki matury z przedmiotów dodatkowych 45%).