Popow rozkazał swojemu oddziałowi zająć rozległy obszar Moskwy między dworcem Kurskim a placem Sławiańskim. Bolszewicy postanowili umiejscowić swoją artylerię na jak najbliższy dystans strzału i zmiażdżyć powstańców jej ogniem. Po tym, w siedzibie powstańców zdano sobie sprawę z nieskuteczności dalszego oporu, Jurij Sablin i Popow poprowadzili odwrót z Moskwy. Po stłumieniu rebelii Popow został zmuszony do ukrycia się; jak również leczył się z powodu paraliżu. 27 listopada 1918 na otwartym posiedzeniu sądowym Trybunału Rewolucyjnego Czeki, został ogłoszony "wrogiem ludu pracującego i banitą" oraz skazany na rozstrzelanie gdy tylko zostanie złapany.
Rewolucja ukraińska W grudniu 1918 udał się do Charkowa, gdzie eserowcy pracowali nad zorganizowaniem ruchu rebelianckiego przeciwko Dyrektoriatowi. Na początku 1919 pod nazwiskiem Kormilitsyn pełnił funkcję asystenta dowódcy 11. ukraińskiego pułku sowieckiego. Będąc rozpoznanym w pobliżu Bachmutu i nie chcąc być poddanym ewentualnym prześladowaniom, udał się do Charkowa, a stamtąd do kongresu lewicowych eserowców w Kijowie. Po zdobyciu miasta przez siły Białych pod koniec sierpnia 1919 wyjechał do Jekaterynosławia.