Znane rodzeństwo Rafała to: bracia Franciszek Wojciech (ur. 1773, kapitan 4 pułku strzelców konnych) i Wincenty Ferreriusz (ur. 1782, podporucznik również 4 psk) oraz siostry Agnieszka, Salomea, Prakseda, Marianna i Rozalia Barbara, która wyszła za Piotra Gałczyńskiego (ich synem był Wojciech GałczyńskiWojciech Gałczyński i Kazimierz Asnyk (prawdopodobnie ojciec poety, Adama) są wymienieni w akcie zgonu Rafała Zajączka., teść malarza Juliusza Kossaka).
Żoną Rafała była Pelagia, z którą rozwiódł się w 1820 roku. Pelagia była córką Ignacego Zajączka (młodszy brat księcia generała Józefa Zajączka, na mocy testamentu J. Zajączka Pelagia otrzymała 300 tys. złotych polskich). Jej drugim mężem był Jan Hilary Łubieński.
Historyk Jadwiga Nadzieja w swojej biografii generała Józefa Zajączka, przytaczając opracowanie Józefa Raciborskiego z 1922 roku, nazywa Rafała i Wincentego Zajączków stryjecznymi bratankami generałaRaciborski błędnie określa Rafała i Wincentego braćmi księcia. Jak pisze J.