Prawda i legenda” (tomy I–IV) nie wymienia nazwiska Rafała Zajączka..
Księstwo Warszawskie Gdy w 1806 roku Królestwo Prus padało pod ciosami napoleońskiej Wielkiej Armii, na terenie Wielkopolski – zagarniętej przez Prusy w wyniku rozbiorów – wybuchło powstanie. Przybyły do Wielkopolski gen. J. H. Dąbrowski wspólnie z dawnym konfederatem barskim gen. Pawłem Skórzewskim poczęli organizować na terenie ówczesnego departamentu kaliskiego wojsko polskie. Rafał Zajączek w tym czasie otrzymał stanowisko rotmistrza kawalerii powstającej Legii Kaliskiej, a 21 listopada 1806 roku został szefem szwadronu 4 pułku strzelców konnych. Służąc na tym stanowisku, 9 października 1809 roku otrzymał stopień majora.
W 1809 roku 4 pułk strzelców konnych został odkomenderowany na Pomorze i do północnych Niemczech, gdzie zwalczał dywersję zbuntowanych pruskich oddziałów majora von Schillego, nie biorąc zarazem udziału w wojnie z Austrią, będącej częścią konfliktu francusko-austriackiego.
W 1812 Rafał Zajączek wziął udział w wyprawie na Rosję, podczas której dostał się do niewoli, choć nie wiadomo, w którym momencie kampanii to nastąpiło.