W związku z powyższym zrealizowano audyt, w wyniku którego stwierdzono konieczność dokonania radykalnej reorganizacji.
De Filharmonie van Vlaanderen (1983-1985) W odpowiedzi na ustalenia audytu, w roku 1983 założona została nowa organizacja non-profit pod nazwą De Filharmonie van Vlaanderen. Powołany został nowy zarząd, natomiast stanowisko głównego dyrygenta objął Emil Czakyrow. W związku ze zmianą przepisów, od tego momentu orkiestra zyskała możliwość także samodzielnej organizacji koncertów.
Koninklijk Filharmonisch Orkest van Vlaanderen (1985-2002) W roku 1985 nazwa orkiestry została zmieniona na Koninklijk Filharmonisch Orkest van Vlaanderen.
W roku 1987 stanowisko głównego dyrygenta objął Günter Neuhold. Skupił się on głównie na dziełach współczesnych kompozytorów flamandzkich, takich jak Luc Brewaeys. W roku 1996 orkiestra zyskała możliwość przeprowadzania prób w stałej lokalizacji, w nowo powstałym budynku w Eilandje, dzielnicy Antwerpii.
W trakcie sezonu 1998-1999 do orkiestry dołączył Philippe Herreweghe obejmując tym samym stanowisko dyrektora artystycznego.