Występowanie Final Fantasy II-VI Chocobo po raz pierwszy pojawiły się w grze Final Fantasy II wydanej w Japonii w 1988 roku. Miały różowy kolor i pojawiały się tylko w jednym momencie - nie posiadały jeszcze żadnej specjalnej roli. To w Final Fantasy III Chocobo uzyskały swój żółty kolor upierzenia, a ponadto, tutaj po raz pierwszy pojawia się Fat Chocobo, czyli ogromny Chocobo (znany także jako King Chocobo). W tej części po raz pierwszy wykorzystany zostaje także przedmiot warzywo Gisahl, za pomocą którego można przyzwać Fat Chocobo.
W Final Fantasy IV Do żółtego Chocobo dołączył czarny (który potrafił latać pomiędzy lasami) oraz biały (dzięki któremu można zregenerować punkty MP). Jedna z bohaterek gry, Rydia, potrafi przywołać Chocobo jako summona.
W Final Fantasy V główny bohater posiada od początku gry Chocobo o imieniu Boco. Imię to zostało później wykorzystane dla innych Chocobo w kolejnych grach z serii.
W Final Fantasy VI Chocobo pojawia się w specjalnych stajniach. Można dzięki niemu podróżować po mapie świata nie staczając walk. Chocobo może też przywołać Setzer swoją zdolnością "Slot".