Uważa się, że obok tunelu Gotthard w Szwajcarii, Brandleitetunnel gromadził najwięcej przeciekających wód gruntowych w Europie. Ciągłe przesiąkanie wody skutkowało licznymi naprawami sklepienia i portali, ponieważ technologia kompleksowego uszczelnienia nie została podczas budowy jeszcze opanowana. Po 20 latach od otwarcia cała konstrukcja musiała zostać osuszona.
W kwietniu 1945, w ostatniej fazie II wojny światowej, tunel miał zostać wysadzony. Wykonaniu tego zamysłu zapobiec miał najwyższy sekretarz Reichsbahn, Ernst Kallert, który mieszkał w latach 1901–1947 w Gehlbergu i którego nagrobek na cmentarzu w tej miejscowości zawiera informacje na ten temat.
Krótko przed 120. rocznicą budowy tunelu kolejowego wydrążono obok tunel autostrady A71. Stworzyło to problemy ze względu na istotny wpływ budowy na sytuację wodną w masywie skalnym. W latach 2004–2005 tunel kolejowy w związku z tym wyremontowano. Został ponownie otwarty dla ruchu 3 lipca 2005. Podtorze zostało zastąpione płytą z podkładami betonowymi. Wymieniono też sygnalizację i zamontowano system