Tradycyjnie, w nauce europejskiej używane jest jego imię w wersji greckiej. W polskich pracach niekiedy stosuje się wersję Filoksen. W jednym z syryjskich, średniowiecznych rękopisów znajduje się nota, zgodnie z którą oryginalne imię Filoksenosa to Józef. Jednak żadne inne źródło historyczne nie potwierdza tej informacji.
Życiorys Dzieciństwo i młodość Filoksenos urodził się w perskim państwie Sasanidów, w prowincji . Data jego urodzin nie jest znana. Jego rodzinne strony leżały w dolinie Tygrysu, niedaleko Kirkuku. Według źródeł hagiograficznych urodził się w miejscowości o nazwie Tahal. Współcześni badacze uważają, że wydarzyło się to najprawdopodobniej między rokiem 440 a 450.
Rodzina Filoksenosa była pochodzenia syryjskiego i wyznawała chrześcijaństwo. Sam Filoksenos uważał się do końca życia za Syryjczyka. Języki grecki i pahlawi znał słabo, nigdy w nich nie pisał.