Iwan Groźny obiecał nie naruszać ziem, religii i zwyczajów Baszkirów, a także zapewnił im ochronę i opiekę przed wszelkimi wrogami. W związku z tym wielu Baszkirów postrzegało podporządkowanie się Moskwie jako ratunek przed trwającymi wewnętrznymi konfliktami i wojnami. Niemniej jednak, będąc już częścią Państwa Rosyjskiego, naród baszkirski napotkał nowe problemy w postaci ucisku ze strony rosyjskich właścicieli ziemskich i urzędników, a także własnych feudałów.
Z przybyciem Państwa Rosyjskiego na ziemie Baszkirów rozpoczęło się masowe budowanie miast i fortec, będących punktami wsparcia kolonizacji, w których zamieszkiwali „służebni ludzie” i urzędnicy. Za swoją służbę otrzymywali oni od carskiego rządu ziemie odebrane Baszkirom. Ponadto, urzędnicy samowolnie zwiększali sumę poboru daniny od miejscowej ludności, nie dając im możliwości skarżenia się na ich arbitralność.
Z nadejściem dynastii Romanowów w XVII wieku sytuacja Baszkirów uległa pogorszeniu: rozpoczęło się masowe rozkradanie dziedzicznych ziem Baszkirów oraz budowa na nich posterunków, ostrogów, osad, chrześcijańskich klasztorów i zakładów. W XVIII-XIX wieku rozpoczęło się intensywne zasiedlanie Baszkirii przez rosyjskich przesiedleńców.