W związku z niezadowoleniem Baszkirów polityką carską i samowolą rosyjskich urzędników, wybuchały ludowe powstania. W XVII-XIX wieku miało miejsce osiem dużych narodowowyzwoleńczych powstań narodu baszkirskiego: 1662–1664 – powstanie rozpoczęło się z powodu naruszenia dziedzicznych praw do ziemi i arbitralności poborców podatków. Protest został poprowadzony przez dużych właścicieli ziemskich, z których część odmówiła poddaństwa Moskowii i pragnęła odrodzenia niezależnego Chanatu Syberyjskiego. Rząd carski, nie mogąc pokonać powstańców, został zmuszony do zaspokojenia ich głównych żądań dotyczących ziemi i opodatkowania.
1681–1684 – powstanie przeciwko przymusowej chrystianizacji muzułmanów. Protest poparł Chanat Kałmucki, również będący pod protektoratem Moskowii. Z tego powodu rząd carski został zmuszony do rezygnacji z polityki chrystianizacji muzułmanów, oficjalnie potępił zajmowanie dziedzicznych ziem Baszkirów oraz zaspokoił ich żądania dotyczące przestrzegania warunków przyłączenia Baszkirii do Moskowii.