Po agresji niemiecko-słowacko-radzieckiej dokonanej na Polskę 1 września 1939 roku Choroszcz wraz ze szpitalem trafiła w granice ZSRR. W tym czasie część pacjentów ze szpitala psychiatrycznego w Choroszczy przewieziono w głąb Związku Radzieckiego. W wyniku ataku przeprowadzonego 22 czerwca 1941 roku szpital przeszedł z rąk ZSRR w ręce III Rzeszy. To spowodowało, że z inicjatywy wydziału medycznego dowództwa polowego Wehrmachtu już pod koniec sierpnia 1941 roku niemieccy żołnierze przy użyciu broni maszynowej zabili 464 pacjentów pozostających na leczeniu w tymże szpitalu psychiatrycznym.
Masowe groby w Nowosiółkach kryją 4000 ofiar: cywilów, partyzantów, wielu księży i zakonnic, zamordowanych w latach 1941–1944 w okresie okupacji niemieckiej. Ludność żydowska miasta została wywieziona do getta w Białymstoku, skąd w listopadzie 1943 roku została wysłana do niemieckiego obozu zagłady w Treblince. Koniec panowania reżimu III Rzeszy nastąpił 27 lipca 1944 roku w wyniku zdobycia Choroszczy przez żołnierzy 3 Armii 2 Frontu Białoruskiego Armii Czerwonej.
Lata powojenne przyniosły Choroszczy m.in. odbudowę letniej rezydencji Branickich (1969–1973), w której znajduje się obecnie Muzeum Wnętrz Pałacowych.
W 1979 roku powstało Towarzystwo Przyjaciół Choroszczy.