2 lipca 1890 roku przedstawiciele młodzieży wrócili do Krakowa.
W listopadzie 1884 roku Czytelnia ponownie rozpoczęła działalność ze zmienionym statutem. Nowa organizacja przejęła majątek poprzedniej z biblioteką liczącą 4145 woluminów. Liczyła ona 401 członków zwyczajnych i 47 honorowych. Czytelnia mieściła się pod adresem Rynek Główny 10. 9 maja 1889 roku Minister Spraw wewnętrznych odpowiedział na pismo członków Czytelni informując, że decyzja o jej rozwiązaniu w 1884 roku była bezprawna. W związku z tym zgromadzenie członków podjęło decyzję o rozwiązaniu z dniem 1 lipca starej Czytelni, a zaczął obowiązywać stary statut sprzed 1884 roku.
W październiku 1889 roku w lokalu Czytelni wygłosił wykład Ernest Breiter, który mówił o wynarodowieniu Polaków przez Austrię i Niemcy i stwierdził, że wierzy w rewolucję w Rosji. Podczas obchodów wigilii w grudniu wykład o braterstwie mówił Ludwik Kulczycki. Namiestnictwo reskryptem z 15 lutego 1890 roku rozwiązało stowarzyszenie za zorganizowanie spotkań podczas których "dyskutowano kwestie społeczne i polityczne".
Kuratorzy: prof. Aleksander Bojarski 1869-1874 prof. Udalryk Heyzmann 1874-1882 prof. Franciszek Kasparek 1883-1884 prof.