Od 1 maja 1855 pełnił funkcję kościoła wiceparafialnego, zaś od 1872, kiedy Qala została samodzielną parafią, ponownie służył jako kościół parafialny, aż do wybudowania nowego kościoła parafialnego w centrum miejscowości.
W XVII i XVIII stuleciu kult Niepokalanego Poczęcia wzrastał i wiele pielgrzymek przybywało do sanktuarium. W raporcie z wizyty duszpasterskiej z 1736 biskup Paul Alphéran de Bussan, a także biskup Bartolomé Rull w 1760, napisali o dużej ilości darów wotywnych, w większości złotych i srebrnych, pokrywających ściany świątyni. Zostały one później usunięte i użyte do sfinansowania renowacji i dekoracji sanktuarium.
W 1887 sanktuarium poddane zostało renowacji, dobudowana została również wtedy dzwonnica.
Powtórna dedykacja świątyni nastąpiła 20 maja 1950.
W setną rocznicę ogłoszenia przez papieża Piusa IX dogmatu o Niepokalanym Poczęciu Matki Bożej, 1 sierpnia 1954 wizerunkowi Maryi na obrazie tytularnym została uroczyście dodana przez biskupa Gozo Giuseppe Pace korona.