Jesienią 2015 roku, po zakończeniu pucharu świata Malaguradze otrzymał oferty kontraktu z drużyn Fédérale 1, jednak nie zyskały one akceptacji zawodnika. Wówczas, aby uniknąć pozostawania bez przynależności klubowej, Gruzin został tymczasowo zarejestrowany jako gracz Koczebi Bolnisi. Ostatecznie w marcu 2016 roku podpisał trzyletni kontrakt z rosyjskim Krasnym Jarem Krasnojarsk, gdzie zastąpił reprezentanta Tonga Fangatapu Apikotoę. W nowym klubie zadebiutował w maju 2016 roku w wygranym meczu o superpuchar Rosji ze Sławą Moskwa. W swoim pierwszym sezonie Malaguradze został bohaterem derbowego meczu z Jenisiejem-STM, kiedy to w końcówce spotkania przechwycił podanie rywali, zdobył przyłożenie a następnie wykonał podwyższenie – w efekcie Krasnyj Jar zwyciężył 14:12. W trzech kolejnych sezonach Malguradze wraz z kolegami z drużyny w lidze rosyjskiej zajmował drugie miejsce, za każdym razem za Jenisiejem-STM. W barwach Krasnego Jaru brał także udział w rozgrywkach europejskich. W sezonie 2016/2017 dotarł do finału European Rugby Continental Shield. W rozgrywanym w Edynburgu meczu Krasnyj Jar ponownie mierzył się z Jenisiejem-STM i ponownie uległ swojemu lokalnemu rywalowi – 36:8. Dotarcie do finału dało jednak drużynie Krasnego Jaru prawo udziału w Challenge Cup w sezonie 2017/2018.