Począwszy od 2016 roku zaczął w kadrze występować także na pozycji – tak w podstawowym składzie, jak i jako zmiennik. Z reprezentacją trzykrotnie sięgał po tytuł mistrzowski w Pucharze Narodów Europy, a po jego reorganizacji w Rugby Europe International Championships – w 2016, 2018 i 2019 roku. W 2018 roku uczestniczył także w Pucharze Narodów Pacyfiku, gdzie Gruzini jako gość rywalizowali z reprezentacjami Fidżi, Samoa i Tonga.
We wrześniu 2019 roku Malaguradze znalazł się na liście zawodników na puchar świata. W czasie rozgrywanego w Japonii turnieju wychowanek Koczebi rozegrał trzy mecze: w podstawowym składzie z Urugwajem oraz z ławki rezerwowych z Fidżi i Australią. Po zakończeniu turnieju uczestniczył w przerwanym przez pandemię COVID-19 turnieju Rugby Europe Championship. Zwyciężając we wszystkich czterech meczach reprezentanci Gruzji zapewnili sobie końcowy triumf jeszcze przed ostatnią kolejką, w której mieli zmierzyć się z Rosją. Dla Malaguradze, który w meczu tym miał wystąpić w podstawowym składzie, miało to być 100.