Po tym wydarzeniu postanowił zrezygnować ze służby u Quintany i zaczął samodzielnie poszukiwać prawdy. Uważał, że nauki Chrystusa nie były kierowane do teologów czy filozofów, lecz do ludzi prostych, niewykształconych, którzy mieli je rozumieć i wprowadzać w czyn. Postanowił więc badając Biblię w językach oryginalnych odrzucić wszelkie doktryny, które uzna za niezgodne z tą Księgą.
W wyniku swoich studiów doszedł do przekonania, że w ciągu trzech pierwszych stuleci naszej ery religia chrześcijańska została skażona. Za błędną uważał m.in. naukę o Trójcy, przyjętą, jak uważał, w wyniku wpływu cesarza Konstantyna i jego następców na chrześcijaństwo. Mając 20 lat, opublikował książkę De Trinitatis erroribus libri septem (O błędach Trójcy ksiąg siedmioro – w tym oraz innych dziełach konsekwentnie używał imienia Bożego w formie JHWH). Ściągnęła ona na niego uwagę inkwizycji. W swoim dziele Servet stwierdzał m.in.: „W Biblii nie ma żadnej wzmianki o Trójcy (...). Boga poznajemy przez Chrystusa, a nie przez nasze zarozumiałe koncepcje filozoficzne.” Uznawał dogmat o Trójcy za zagmatwany, którego Biblia nie popiera „nawet jedną sylabą”. Chrystusa uważał za drogę, pośrednika umożliwiającego poznanie Boga. Servet postanowił także odrzucić kult obrazów jako niebiblijny.