W czerwcu 1933 został przeniesiony do Dowództwa Okręgu Korpusu Nr IX w Brześciu nad Bugiem na stanowisko komendanta Okręgu Związku Strzeleckiego Nr IX. Po 1935 został przeniesiony do 80 Pułku Piechoty w Słonimie na stanowisku kwatermistrza. W 1939 pełnił służbę na stanowisku komendanta Kadry Zapasowej Piechoty Sokółka.
20 września 1939 w Zawiasach przekroczył granicę z Litwą, gdzie został internowany. 13 lipca 1940 został przekazany władzom sowieckim i osadzony w Obozie NKWD w Kozielsku (tzw. „Kozielsk II”). 2 lipca 1941 został przeniesiony do Obozu NKWD w Griazowcu, a 3 września tego roku zwolniony i skierowany do Tockoje, gdzie formowały się oddziały Polskich Sił Zbrojnych w ZSRR.
Zmarł 14 października 1969 w Londynie. Został pochowany na South London Cemetery.
Życie prywatne Jan Słomka był żonaty z Heleną z Czerwińskich (1897–1969), z którą miał troje dzieci: Bogusława (ur. 19 lutego 1923), Stefana (ur. 2 września 1925) i Barbarę (ur. 29 czerwca 1932). Żona z dziećmi w czerwcu 1941 została deportowana na terytorium Kazachskiej Socjalistycznej Republiki Radzieckiej, a następnie ewakuowana do Iranu.