Z czasem Luthora coraz bardziej zaczynają dręczyć pytania: W jaki sposób tak naprawdę został uratowany od śmierci w zatopionym aucie? Jak udało się przeżyć Kentowi uderzenie przez jego samochód na chwilę przed wypadnięciem z mostu? Skąd miał jeszcze siły, aby mu pomóc? Ciekawość narasta i staje się obsesją Lexa.
Najlepszym szkolnym kolegą Clarka jest Pete Ross, który jako pierwszy – poza rodziną – poznaje możliwości swojego przyjaciela. Ta informacja z początku jest wielkim szokiem dla Pete’a, ale po ochłonięciu nie zmienia on stosunku do Clarka i jest pod wrażeniem jego mocy. Jednak żeby nie zdradzić tajemnicy przyjaciela, Pete wyprowadza się ze Smallville.
Seria 4 Pojawia się nowa bohaterka – Lois Lane. Przybyła do Smallville wyjaśnić okoliczności śmierci Chloe, a znajduje nagiego Clarka. Po raz pierwszy widzimy też pełnowymiarowy lot młodego Kenta. Głównym wątkiem sezonu jest znalezienie 3 magicznych kamieni. Poszukują ich Jason Teague i jego matka, ale również Lex i Lionel Luthorowie. Na ich zdobyciu zależy też hrabinie Isabell Toro (która zawładnęła ciałem Lany) jak i Clarkowi, który został zobowiązany do tego przez Jor-Ela. Jason jest chłopakiem Lany, budząc tym samym zazdrość Clarka. Nie zabrakło też ludzi zainfekowanych kryptonitem, jednak nie kładziono na nich już siły napędowej serialu.